在同盟会内部，宋教仁是最早也最为坚定地否定孙中山“作事近于专制跋扈”的第一人，同时也是“为宪政流血”的第一人。但是，他既没有像章太炎、陶成章等人那样公开反对孙中山；也没有像张百祥、刘公、孙武、焦达峰等人那样另行组织共进会；而是局限在同盟会内部对孙中山实施架空虚置。宋教仁所从事的政治活动的成功与失败都在于此。
一、宋教仁与孙中山的路径歧异
1906年9月25日，宋教仁在日记中介绍说，他当面向黄兴指出，孙中山等人一心要在中国南部边疆起义，是“冒险心、激进心太甚，将来恐有孤注之势”。接下来，他又给黄兴谈到前往吉林南部延边地区争取武装割据的韩登举的设想。
1907年1月4日，黄兴准备到香港等地筹备起义，委托因用脑过度而神经衰弱的宋教仁代理同盟会庶务，并且请宋教仁从宫崎寅藏家里搬到自己的伊势屋寓所继续养病。当天晚上，宋教仁来到孙中山（逸仙）的住所办理交接手续：“逸仙与余言代理庶务事，余问其一切事务如何？逸仙不多言及。余坐良久，遂辞去，至《民报》社宿焉。”
2月15日，黄兴因为“广东近日非常戒严，香港亦难居”，只好从香港返回日本。2月24日晚上，宋教仁先与黄兴、末永节、古河清、张继等人商议前往东北的计划，然后来到孙中山的住处。孙中山告诉他说，“明日内田良平接余等至赤坂三河屋开晚餐会”。
2月25日，宋教仁与孙中山、章太炎、刘师培、鲁文卿、胡汉民、内田良平、宫崎寅藏、清滕幸七郎、和田三郎等人，在“艺妓七八人轮流奉酒……歌舞并作”的情况下欢聚一堂。他在当天的日记里却没有提到自己最为熟悉的黄兴（庆午）的名字。2月28日，宋教仁在日记中记录了发生在孙中山与黄兴之间的激烈冲突：
“七时至《民报》社与黄庆午言余辞职事，庆午不应。良久，庆午忽言，欲退会，断绝关系，其原因则以□□□以己意制一新国旗，而庆午以为不善，请其改之，逸仙固执不改，并出不逊之言，故庆午怒而退会。时诸人均在，皆劝之。余则细思庆午不快之原因，其远者当另有一种不可推测之恶感情渐积于心，以致借是而发，实则此犹小问题。盖□□素日不能开诚布公、虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。今既如是，则两者感情万难调和，且无益耳，遂不劝止之。又思□会自成立以来，会员多疑心疑德，余久厌之，今又如是，则将来之不能有所为，或亦意中事，不如另外早自为计，以免烧炭党人之讥，遂决明日即向逸仙辞职，庆午事亦听之。”
另据冯自由、章太炎等人回忆，青天白日旗由1895年兴中会广州起义时牺牲的陆皓东设计。孙中山把该旗张挂在《民报》社的墙壁上，黄兴看到后提出异议，认为既不美观又接近于日本国旗。孙中山厉声斥责道：“仆在南洋，托命于是旗者数万人。欲毁之，先摈仆可也。”黄兴恼羞成怒，当场表示要脱离同盟会。
孙中山前往发动起义的地方是南洋的菲律宾、新加坡、安南等地，而宋教仁前往发动起义的地方，偏偏是孙中山一再承诺要赠送给日本黑龙会的东北地区；而且自始至终都没有就此事与孙中山商议过。代理庶务的宋教仁通过一个多月的频繁接触，对于孙中山有了更加真切的认识，黄兴与孙中山的激烈冲突进一步坚定了他与孙中山分道扬镳的决心。3月1日，他在日记中写道：“十时，至孙逸仙寓，言辞职事，并以一切文件交之。逸仙初犹不允，余固言之乃已，遂皆交代清楚。……至《民报》社，知黄庆午事尚未调和，阅报良久而回。”
二、宋教仁否定孙中山
在此之前，清政府方面的庆亲王奕劻，亲笔写信给时任韩国统监的伊藤博文，要求日本政府将孙中山驱逐出境。当时的西园寺内阁，考虑到压制中国的革命派，将来会对日本在华扩张势力不利，决定由内田良平出面与外务省协商解决。内田与外务省政务局长山座圆次郎协商后决定，以孙中山三年以后可以重返日本为条件，给予7000元的离开费用。内田与宫崎寅藏征求孙中山的意见，孙中山同意自行离开，并且收取了6000元的赠款，剩余1000元用于1907年2月25日60多名同盟会会员的告别宴会。除此之外，孙中山还收取了证券商铃木久五郎的一万元赠款。
1907年3月4日，孙中山带领汪精卫、胡汉民、池亨吉、萱野长知等人，乘坐德国籍阿里斯王子号轮船离开横滨，经上海、香港海面前往南洋的新加坡、安南（越南）等地开展活动。临行前，他给《民报》社留下了2000元的办刊经费。几天后，西园寺内阁通知清政府已经把孙中山驱逐出境。同盟会内部的日本人，也把孙中山与日本政府之间的秘密交易，告诉给了章太炎、张继、刘师培、谭人凤、宋教仁、田桐等人。同盟会内部从此人心涣散并且内斗不止。
1910年5月30日，孙中山由檀香山乘蒙古号轮船前往日本，于6月10日化名Dokas抵达横滨，11日又改名阿罗哈(Dr.Alaha)入住宫崎寅藏的东京小石川寓所，与6月7日化名李经田由香港抵达东京的黄兴等人密商革命计划。6月25日，孙中山应日本当局的要求，离开东京经香港前往南洋。7月17日，黄兴也应日本当局的要求离开东京前往香港。
据谭人凤在《石叟牌词》中回忆，孙中山当面答应他要改良同盟会的党务，等到宋教仁就此事与孙中山进行协商时，孙中山回答说：“党员攻击总理，无总理安有同盟会？经费由我筹集，党员无过问之权，何得执以抨击？”第二天，谭人凤与宋教仁一起来见孙中山，孙中山依然持同样态度。谭人凤当场驳斥道：“同盟会由全国志士结合组织，何得一人言取消？总理无处罚党员之规条；陶成章所持理由，东京亦无人附和，何得怪党人？款项即系直接运动，然用公家名义筹来，有所开销，应使全体与知，何云不得过问？”孙中山一时语塞，只好表态说：“过几天约齐各分会长再讨论这件事情吧。”没有想到孙中山“暗地而来者，又暗地而去”。谭人凤因此“大不慊于中山”，便与赵声（伯先）、张懋隆、林时爽、李伯中、陈勤宣、周瑟铿、邹永成、刘承烈、张斗枢等人，在宋教仁所住的寒香园商议另组同盟会中部总会。
比起谭人凤，宋教仁对于孙中山的否定态度表现得更加坚决。关于这一点，在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，保存有较为确切的文字记录。1908年11月23日，宋教仁表示说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的。我们相信，在真正的大首领出现之前，努力钻研有关的政治的书籍是得体的。”
谈到《每日新闻》所刊登的日本经济学家根津一在东亚同文会的演说时，宋教仁评论说，根津一“根本不了解清国情形”，“无论是孙（逸仙）的势力或是康（有为）的势力，都难望得到永远存续。到国会终于开设时，肯定会有新人物出现，代表汉族抵制满族，这是必须的趋势。”
1910年12月，宋教仁在与日本朋友串户真左树的谈话中再一次表示：“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”
1911年7月31日，同盟会中部总会在上海正式成立，年龄最长的谭人凤被推举为交通部干事，陈其美为庶务部干事，宋教仁为文事部干事，潘祖彝为财务部干事，杨谱笙为会计部干事。中部总会虽然冠以同盟会的名义，却不再接受孙中山以及名存实亡的同盟会东京本部的支配领导。虚位以待的会长不仅需要选举产生，而且在行使职权时必须经过“总务干事全体之署名”，从而在制度层面杜绝了像孙中山那样“作事近于专制跋扈”的现象。正是在这样的制度设计中，宋教仁在辛亥革命之后坚持主张议会政党的责任内阁制，并且致力于缔造作为现代议会政党的国民党，进行了初步的铺垫和预演。也正是由于这个原因，孙中山在宋教仁遇刺之后所写的挽联中，意味深长地认定宋教仁是“为宪政流血”的第一人。